Após ficar fora dos 3 últimos jogos do Brasileirão 2008 em função de um hérnia de disco, Juninho abdicou de suas férias de dezembro e ficou na Cidade do Galo fazendo tratamento para estar pronto para temporada 2009. A recompensa foi a liberação do médico do Atlético, Rodrigo Lasmar "Ele vai começar a treinar e vamos observar a resposta que vai dar"